1、种植分散，规模效益较差、标准化生产程度较低。由于药农实力有限，种植分布分散，成片种植少，集约化程度较低，正如江西泰和县的车前子，家家户户像种花生一般，难以标准化。另外，药材种植区域多在山区，信息和交通落后造成种植难以规模化，好比曾为“药材生产红旗县“的重庆巫溪，太白贝母、大宁党参等特色品种，目前种植规模太小，批量供应能力很低，在市场交易中难以形成气候。

2、重视生产，不重技术与管理，造成质量较次。很多基地重产量轻质量，滥用化肥、农药，导致中药材品质下降，同时也缺乏技术指导和跟踪服务，不能保持对中药材在正常生长过程中的监测预报与田间管理，好比石柱黄连基地，很多连农疏忽基地管理，出现各类黄虫病害，甚至出现了政府在黄连种植基地上给予的化肥补贴，农户用于种菜。

3、只管生产，不管市场行情，信息闭塞。一些基地或盲目跟风，重复建设，如三七高价位时候，卖厂卖房凑钱去文山包地的大有人在。或埋头发展生产，不进行深入的市场调研与前景分析，种植品种单一，价贱滞销，如江西栀子丰产不丰收。

4、买卖双方不透明，种植与销售脱节。中药材种植生长管理较为粗放，供需信息交流不畅，缺乏长期的利益供给机制，价格起伏幅度过大，阻碍了中药产业健康发展。